Vào ngày 3 tháng 1 năm 1028, Michinaga qua đời, hưởng thọ 62 tuổi. Nguyên nhân cái chết được cho là ông đã cầu nguyện A-di-đà trên giường bệnh của mình với mong muốn được lên Thiên đường. Ông đã để lại một cuốn nhật ký, tên là Midō Kanpakuki. Nó là một nguồn tư liệu quan trọng để nghiên cứu về triều đình Nhật Bản thời Heian, khi dòng họ Fujiwara đang ở trên đỉnh cao quyền lực, mặc dù nó hơi bị lu mờ bởi Truyện kể Genji của nữ văn sĩ Murasaki Shikibu và Truyện gối đầu của Sei Shonagon. Trong Truyện kể Genji, nhân vật Genji được cho là được khắc họa dựa trên Michinaga, cũng như Korechika.